Depuis le 23 juin 2025, le décret n°2025-564 du 21 juin 2025 modifie le décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux. L’objectif est de transposer les directives européennes en vigueur.

La relation de travail reprend :

Si le fonctionnaire du fait d'un congé pour raison de santé, ou du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales est dans l’impossibilité :

• De prendre son congé annuel au cours de l'année au titre de laquelle il lui est dû, il bénéficie d'une période de report de quinze mois, dont la durée peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de l'autorité territoriale. La période de report débute à compter de la date de reprise des fonctions.

Exemple : un agent est en congé de maladie ordinaire du 1^er juillet au 31 octobre 2025, il a droit au report des congés non pris sur une période du 1^er novembre 2025 au 30 janvier 2027.

• De prendre son congé annuel acquis pendant un congé pour raison de santé ou un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, il bénéficie d'une période de report de quinze mois, elle débute, au plus tard, à la fin de l'année au titre de laquelle le congé annuel est dû.

Exemple : un agent est en congé de maladie ordinaire du 1^er juillet 2025 au 31 octobre 2027, il a droit au report des congés :

• Pour la période du 1^er juillet au 31 décembre 2025, jusqu’au 30 mars 2027 (droits éteints à sa reprise le 1^er novembre 2027),
• Pour la période du 1^er janvier au 31 décembre 2026, jusqu’au 30 mars 2028,
• Pour la période du 1^er janvier au 31 octobre 2027, jusqu’au 30 janvier 2029.

Si le report s’applique du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, il correspond aux droits non-utilisés relevant des cinq semaines de congé annuel par période de référence.

Si le report s’applique du fait d’un congé pour raisons de santé, il est limité aux droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.

La relation de travail prend fin :

Les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice :

• Du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, l’indemnisation est limitée aux droits non-utilisés relevant des cinq semaines de congé annuel par période de référence.
• Du fait d’un congé pour raisons de santé, l’indemnisation est limitée aux droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.

Calcul de l’indemnisation

La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l'indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail correspond à la dernière rémunération versée au titre de l'exercice effectif des fonctions sur un mois d'exercice complet.

Cette rémunération tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l'agent qui sont intervenues entre la dernière date d'exercice effectif des fonctions et la date de fin de relation de travail. Elle intègre :

• Le traitement indiciaire ;
• L'indemnité de résidence ;
• Le supplément familial de traitement ;
• Les primes et indemnités instituées par une disposition législative ou réglementaire ;
• Les indemnités pour heures supplémentaires annualisées mentionnées dans le décret du 6 octobre 1950.

Sont exclus de l'assiette de la rémunération brute utilisée pour le calcul de l'indemnité compensatrice :

• Les versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l'appréciation individuelle ou collective de la manière de servir ;
• Les primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais ;
• Les participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire ;
• Les versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations, ainsi que toutes autres indemnités de même nature ;
• Les indemnités versées au titre d'une activité accessoire ainsi que les autres indemnités non directement liées à l'emploi ;
• Les versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique ;
• Les indemnités liées à l'organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail.

Décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d'indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique (Source : www.legifrance.gouv.fr)
Décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux (Source : www.legifrance.gouv.fr)
Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale (Source : www.legifrance.gouv.fr)