Publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie en profondeur le régime des congés pour raisons de santé applicable aux trois versants de la fonction publique, aux militaires et aux ouvriers de l'État.

Pour la fonction publique territoriale, il fait notamment évoluer :

• Le décret n°87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux ;
• Le décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale.

Temps partiel thérapeutique

À partir du 1^er août 2026, la procédure afférente aux autorisations de service à temps partiel pour raison thérapeutique (TPT) dans la fonction publique évolue. Les conditions médicales d’accès au TPT, les quotités de travail ainsi que les règles de rémunération et de rechargement des droits restent, quant à elles, inchangées. 

Pour toute demande de TPT à compter de cette date, y compris en cas de renouvellement, de nouvelles règles s’appliqueront :

• Décision de l'autorité territoriale au plus tard le jour de la reprise si la demande fait suite à un CLM, un CLD, un CITIS ou une disponibilité pour raison de santé ; trente jours dans les autres cas ;
• Possibilité de faire examiner l'agent par un médecin agréé dès réception de la demande (l'absence injustifiée valant désistement) ;
• L’autorisation n’est plus obligatoirement accordée par périodes d’un à trois mois. Elle peut désormais être délivrée sans durée minimale imposée, dans la limite totale d’une année ;
• Tout refus ou toute interruption doit être motivé : entretien préalable (l’agent peut se faire assister) si le motif tient aux nécessités du service, avis du médecin agréé requis si le motif est médical ;
• Conclusions du médecin agréé contestables devant le conseil médical ; le TPT en cours est alors prolongé jusqu'à son avis ;
• Suppression du contrôle médical systématique au-delà de trois mois, l'employeur gardant la faculté de solliciter un examen à tout moment.

Arrêts de travail / Congés pour raison de santé

À compter du 1^er août 2026 : les examens médicaux à distance :

L’examen médical d’un fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut être réalisé à distance au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication, dans le respect des règles encadrant la télémédecine.

À compter du 1^er septembre 2026, les modalités de gestion des arrêts de travail dans la fonction publique évoluent afin de s’aligner sur celles du régime général de l'assurance maladie. Ces changements visent à renforcer le cadre des arrêts de travail tout en simplifiant les procédures et en assurant un meilleur suivi des agents.

• Avis d'arrêt de travail délivré selon le CERFA sécurisé, avec plafonnement de la durée de prescription (un mois pour un premier arrêt, deux mois en cas de prolongation, sauf exceptions médicalement justifiées) ; dématérialisation possible ;
• L’arrêt précise notamment si les sorties sont autorisées, interdites ou libres. Lorsque les sorties sont autorisées mais non libres, l’agent doit en principe être présent à son domicile entre 9 heures et 11 heures et entre 14 heures et 16 heures, sauf en cas de soins ou d’examens médicaux ;
• Les prolongations devront en principe être effectuées par le médecin auteur de l’arrêt initial, sauf s’il s’agit d’un spécialiste, d’un remplaçant, d’une hospitalisation, ou quand ce n’est pas possible autrement, par exemple via SOS Médecins ;
• Contrôle administratif possible de l'agent à son domicile — ou à son lieu de repos — lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire ; absence injustifiée ou refus = interruption de la rémunération jusqu'à la fin de l'arrêt. Ce contrôle s'ajoute, sans le remplacer, au contrôle médical existant
• Simplification des régimes pour les CLM et CLD :
• Accord et renouvellement dans la limite de six mois par période.
• Suppression de l'obligation de saisir le conseil médical en formation restreinte pour le simple renouvellement d'un CLM ou d'un CLD une fois les droits à plein traitement épuisés ; le contrôle par le médecin agréé demeure en revanche possible.
• L'interdiction d'exercer une activité rémunérée, jusqu'ici propre au CLM et au CLD, est étendue au congé de maladie ordinaire (sous réserve des exceptions liées à des activités de réadaptation contrôlées médicalement) ; toute activité rémunérée non autorisée expose à l'interruption de la rémunération et à la récupération des sommes indûment perçues ;
• Accompagnement de la reprise : en cas d'arrêt de plus de trente jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, pourra saisir le médecin du travail dans une logique de visite de pré-reprise, afin de préparer en amont les conditions du retour (entrée en vigueur différée au 1er janvier 2028) ; possibilité, par ailleurs, pour l'agent de demander une formation ou un bilan de compétences en vue de sa réadaptation ou reconversion, sous réserve de l'avis favorable du médecin agréé ;
• Ensemble de ces règles (contrôle administratif, accompagnement, téléconsultation) étendu au fonctionnaire placé en CITIS.

Décret n°87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux (Source : www.legifrance.gouv.fr)
Décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale (Source : www.legifrance.gouv.fr)
Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires (Source : www.legifrance.gouv.fr)